El proceso de selección de emprendedores y proyectos inicia con una entrevista con el coordinador de la incubadora.
Posteriormente, el CIV del ITC, la Dirección de Desarrollo Económico del Municipio de Celaya, junto con un comité técnico conformado por asesores y tutores de la incubadora, son convocado para seleccionar los proyectos que ingresan al CIIE, ya sea por su grado de innovación en sus productos, procesos o servicios o por las prioridades de los programas del Gobierno Estatal o Municipal.