El modelo de incubación que aplica el CIIE para su operación es el desarrollado por el Sistema Nacional de Institutos Tecnológicos (SNIT), ahora TECNOLÓGICO NACIONAL DE MÉXICO. El Modelo de Incubación y Desarrollo de Empresas (MidE), fue concebido como un mecanismo empresarial alternativo para el desarrollo económico, es un proceso de gestión y transferencia del conocimiento científico-tecnológico que impulsa el talento y las ideas creativas de los emprendedores enfocado a atender oportunidades del mercado.
Mantiene gran congruencia entre los intereses y recursos del ecosistema de emprendimiento: Gobierno (Federal, Estatal y Municipal), el ITC, emprendedores y empresarios. Su operación se rige por la normatividad que regula las actividades sustantivas y administrativas de los Institutos Tecnológicos.
Además de incorporar la Metodología Quantum, en el desarrollo del perfil emprendedor, como parte de servicio integral que se ofrece a los emprendedores, que determina y reconoce sus capacidades y habilidades emprendedoras, ofreciendo una retroalimentación que enriquece el deber emprendedor.